Tư Mã Đạo Tử trong vai trò nhiếp chính say xỉn liên miên và rất tin cậy Vương Quốc Bảo (王國寶) và Vương Tự (王緒) do họ có tài nịnh bợ, nhiếp chính vương nhanh chóng trở nên tham nhũng và không đủ năng lực. Thứ sử Vương Cung (王恭), người được Hiếu Vũ Đế giao phó chỉ huy binh lính ở phần đông bắc của đế quốc, đã xem xét đến việc khởi đầu một cuộc nổi loạn để lật đổ Vương Quốc Bảo và Vương Tự. Năm 397, Vương Quốc Bảo và Vương Tự đề xuất với Tư Mã Đạo Tử rằng những binh lính được nắm giữ bởi Vương Cung và quan thứ sử khác là Ân Trọng Kham (殷仲堪), cần phải được giảm bớt; Vương Cung và Ân Trọng Kham là những người chỉ huy ở các châu phía tây, đáp lại, đã huy động binh lính của mình và tuyên bố rằng Vương Quốc Bảo và Vương Tự phải bị xử tội chết. Tư Mã Đạo Tử trong sợ hãi đã ép Vương Quốc Bảo tự tử và hành quyết Vương Tự. Vương Cung và Ân Trọng Kham sau đó rút lui. Từ thời điểm này, Tư Mã Đạo Tử không tin tưởng ai ngoại trừ người thừa kế tuổi niên thiếu của ông, Tư Mã Nguyên Hiển (司馬元顯), và giao phó quyền bảo vệ kinh thành cho Tư Mã Nguyên Hiển. Ông cũng ban hàm tướng chỉ huy cho các họ hàng xa là Tiếu vương Tư Mã Thượng Chi (司馬尚之) và em út của Tư Mã Thượng Chi là Tư Mã Hưu Chi, cũng như Vương Du (王愉) vào năm 398.

Việc ban chức chỉ huy quân sự cho Vương Du đã dẫn đến phản ứng từ Vương Cung và Ân Trọng Kham do quyền chỉ huy của Vương Du trải rộng trên bốn quận nguyên là đất dưới quyền Dữu Khải (庾楷), người này đã trở nên giận dữ và đã thuyết phục Vương Cung cùng Ân Trọng Kham rằng mục đích của Tư Mã Đạo Tử cũng nhằm để chống lại họ. Do vậy, cả hai lại nổi dậy, song Tư Mã Đạo Tử đã thuyết phục được tướng của Vương Cung là Lưu Lao Chi (劉牢之), người chỉ huy đội quân tinh nhuệ Bắc Phủ binh (北府兵), quay sang chống lại Vương Cung, bắt giữ rồi giết chết người này. Ân Trọng Kham nghe tin Vương Cung bị giết chết cũng sợ hãi song vẫn xem xét đến việc tiến quân bằng mọi cách, Tư Mã Đạo Tử theo đề nghị của người anh em họ của Hoàn Huyền là Hoàn Tu (桓脩), đã gây ra bất đồng giữa Ân và các tướng của ông là Hoàn Huyền là Dương Thuyên Kỳ (楊佺期) bằng cách ban cho Hoàn và Dương các vị trí then chốt; mặc dù Hoàn và Dương trên danh nghĩa vẫn là các đồng minh của Ân Trọng Kham song Ân Trọng Kham đã buộc phải rút quân, và từ thời điểm đó không còn là một mối đe dọa lớn, lãnh địa của ông ta cũng bị phân làm ba, trong đó Hoàn Huyền và Dương Thuyên Kỳ mỗi người được một phần.

Cuối năm 398, pháp sư Tôn Thái (孫泰), một người bạn của Tư Mã Nguyên Hiển, đã bị vạch trần khi âm mưu một kế hoạch phản nghịch, Tư Mã Đạo Tử lệnh cho Tư Mã Nguyên Hiển bắt giữ và hành quyết Tôn Thái. Cháu trai của Tôn Thái, Tôn Ân (孫恩) đã chạy trốn đến đảo Chu San và lập kế hoạch phục thù.

Vào mùa hè năm 399, Tư Mã Nguyên Hiển do muốn có nhiều quyền lực hơn, đã chớp thời cơ An Đế đang rất say để có được một chỉ dụ về việc chuyển giao quyền lực của Tư Mã Đạo Tử cho mình. Khi Tư Mã Đạo Tử thức dậy trong sự kinh ngạc, ông trở nên tức giận, nhưng sau thời điểm đó, quyền lực của ông cực kỳ hạn chế, mặc dù trên danh nghĩa ông vẫn là người nhiếp chính.